Las actividades de investigación de la Red MERCOSUR en el área de política comercial se han concentrado en el análisis de las restricciones arancelarias y no arancelarias en el comercio intra-regional y con terceros países.
Entre estos estudios se analizaron las excepciones de los Aranceles Nacionales en relación al Arancel Externo Común del MERCOSUR y los potenciales impactos de los regimenes o tratamientos especiales de importación nacional y/o preferencias bilaterales.
La Red MERCOSUR ha identificado los pros y contras de la elección del modelo de Unión Aduanera como forma de integración económica de la región. Y también se han investigado sectores específicos tales como la liberalización de los servicios de Telecomunicaciones y Bancos entre otros.